ਨੌਵੇਂ ਸਿੱਖ ਗੁਰੂ, ਗੁਰੂ ਤੇਗ ਬਹਾਦਰ ਜੀ ਦਾ ਮੁਗਲ ਬਾਦਸ਼ਾਹ ਔਰੰਗਜ਼ੇਬ ਦੇ ਹੁਕਮ ‘ਤੇ 24 ਨਵੰਬਰ 1675 ਨੂੰ ਇੱਥੇ ਸਿਰ ਕਲਮ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਸ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ ਕਿ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਸਰੀਰ ਨੂੰ ਚੌਗਿਰਦਾ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕੇ ਅਤੇ ਲੋਕਾਂ ਦੇ ਦ੍ਰਿਸ਼ਟੀਕੋਣ ਦੇ ਸਾਹਮਣੇ ਲਿਆਂਦਾ ਜਾ ਸਕੇ, ਇਸ ਨੂੰ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਇੱਕ ਚੇਲੇ, ਲੱਖੀ ਸ਼ਾਹ ਵਣਜਾਰਾ ਦੁਆਰਾ ਹਨੇਰੇ ਦੀ ਛੱਤ ਹੇਠ ਚੋਰੀ ਕਰ ਲਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਿਸਨੇ ਫਿਰ ਗੁਰੂ ਜੀ ਦੇ ਸਰੀਰ ਦਾ ਸਸਕਾਰ ਕਰਨ ਲਈ ਉਸਦੇ ਘਰ ਨੂੰ ਸਾੜ ਦਿੱਤਾ ਸੀ; ਅੱਜ ਇਸ ਅਸਥਾਨ ‘ਤੇ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਰਕਾਬ ਗੰਜ ਸਾਹਿਬ ਬਣਿਆ ਹੋਇਆ ਹੈ
ਉਸ ਦਰੱਖਤ ਦਾ ਤਣਾ ਜਿਸ ਦੇ ਹੇਠਾਂ ਗੁਰੂ ਜੀ ਦਾ ਸੀਸ ਵੱਢਿਆ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਉਹ ਖੂਹ ਜੋ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੇ ਆਪਣੀ ਕੈਦ ਦੌਰਾਨ ਇਸ਼ਨਾਨ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਸੀ, ਨੂੰ ਗੁਰਦੁਆਰੇ ਵਿਚ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਰੱਖਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਗੁਰਦੁਆਰੇ ਦੇ ਨਾਲ ਲੱਗਦੇ, ਕੋਤਵਾਲੀ (ਥਾਣਾ) ਖੜ੍ਹਾ ਹੈ, ਜਿੱਥੇ ਗੁਰੂ ਜੀ ਨੂੰ ਕੈਦ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਚੇਲਿਆਂ ਨੂੰ ਤਸੀਹੇ ਦਿੱਤੇ ਗਏ ਸਨ। ਇਸ ਦੇ ਨੇੜੇ ਸੁਨੇਹਰੀ ਮਸਜਿਦ (ਚਾਂਦਨੀ ਚੌਕ) ਸਥਿਤ ਹੈ।
11 ਮਾਰਚ 1783 ਨੂੰ ਸਿੱਖ ਫੌਜੀ ਆਗੂ ਬਘੇਲ ਸਿੰਘ (1730-1802) ਨੇ ਆਪਣੀ ਫੌਜ ਸਮੇਤ ਦਿੱਲੀ ਵੱਲ ਕੂਚ ਕੀਤਾ। ਉਸ ਨੇ ਦੀਵਾਨ-ਏ-ਆਮ ‘ਤੇ ਕਬਜ਼ਾ ਕਰ ਲਿਆ, ਮੁਗਲ ਬਾਦਸ਼ਾਹ ਸ਼ਾਹ ਆਲਮ ਦੂਜੇ ਨੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨਾਲ ਸਮਝੌਤਾ ਕੀਤਾ ਕਿ ਬਘੇਲ ਸਿੰਘ ਨੂੰ ਸ਼ਹਿਰ ਵਿਚ ਸਿੱਖ ਇਤਿਹਾਸਕ ਸਥਾਨਾਂ ‘ਤੇ ਗੁਰਦੁਆਰੇ ਬਣਾਉਣ ਦੀ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦਿੱਤੀ ਜਾਵੇ ਅਤੇ ਸਾਰੇ ਕਟੌਤੀ ਦੇ ਇਕ ਰੁਪਏ (37.5%) ਵਿਚ ਛੇ ਆਨੇ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਜਾਣ। ਰਾਜਧਾਨੀ ਵਿੱਚ ਫਰਜ਼. ਸੀਸ ਗੰਜ ਅਪ੍ਰੈਲ ਤੋਂ ਨਵੰਬਰ 1783 ਦੇ ਅੱਠ ਮਹੀਨਿਆਂ ਦੇ ਸਮੇਂ ਦੇ ਅੰਦਰ, ਉਸ ਦੁਆਰਾ ਬਣਾਏ ਗਏ ਧਾਰਮਿਕ ਅਸਥਾਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਸੀ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਆਉਣ ਵਾਲੀ ਸਦੀ ਵਿੱਚ ਅਸਥਿਰ ਰਾਜਨੀਤਿਕ ਮਾਹੌਲ ਦੇ ਕਾਰਨ, ਇਹ ਸਥਾਨ ਇੱਕ ਮਸਜਿਦ ਅਤੇ ਇੱਕ ਗੁਰਦੁਆਰੇ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਬਦਲ ਗਿਆ। ਇਹ ਦੋ ਭਾਈਚਾਰਿਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਵਿਵਾਦ ਦਾ ਸਥਾਨ ਬਣ ਗਿਆ, ਅਤੇ ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਮੁਕੱਦਮੇਬਾਜ਼ੀ ਹੋਈ। ਆਖ਼ਰਕਾਰ, ਲੰਮੀ ਲੜਾਈ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਬ੍ਰਿਟਿਸ਼ ਰਾਜ ਦੌਰਾਨ ਪ੍ਰਿਵੀ ਕੌਂਸਲ ਨੇ ਸਿੱਖ ਮੁਕੱਦਮੇਬਾਜ਼ਾਂ ਦੇ ਹੱਕ ਵਿੱਚ ਰਾਜ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਮੌਜੂਦਾ ਢਾਂਚੇ ਨੂੰ 1930 ਵਿੱਚ ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ; ਆਉਣ ਵਾਲੇ ਸਾਲਾਂ ਵਿੱਚ ਗੁੰਬਦਾਂ ਦਾ ਸੋਨਾ ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਮੁਗਲ ਕਾਲ ਦੀ ਕੋਤਵਾਲੀ 1971 ਦੇ ਆਸ-ਪਾਸ ਦਿੱਲੀ ਸਿੱਖ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਬੰਧਕ ਕਮੇਟੀ ਨੂੰ ਸੌਂਪ ਦਿੱਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਗੁਰੂ ਤੇਗ ਬਹਾਦਰ ਜੀ ਦਾ ਕੱਟਿਆ ਹੋਇਆ ਸਿਰ (ਹਿੰਦੀ ਜਾਂ ਪੰਜਾਬੀ ਵਿੱਚ “ਸੀਸ”) ਗੁਰੂ ਜੀ ਦੇ ਇੱਕ ਹੋਰ ਚੇਲੇ ਭਾਈ ਜੈਤਾ ਦੁਆਰਾ ਅਨੰਦਪੁਰ ਸਾਹਿਬ ਲਿਆਂਦਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਇਸੇ ਨਾਂ ਦਾ ਇਕ ਹੋਰ ਗੁਰਦੁਆਰਾ, ਪੰਜਾਬ ਦੇ ਆਨੰਦਪੁਰ ਸਾਹਿਬ ਵਿਖੇ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਸੀਸਗੰਜ ਸਾਹਿਬ, ਇਸ ਸਥਾਨ ਦੀ ਨਿਸ਼ਾਨਦੇਹੀ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜਿੱਥੇ ਨਵੰਬਰ 1675 ਵਿਚ ਸ਼ਹੀਦ ਗੁਰੂ ਤੇਗ ਬਹਾਦਰ ਜੀ ਦਾ ਸੀਸ ਭਾਈ ਜੈਤਾ (ਸਿੱਖ ਰੀਤਾਂ ਅਨੁਸਾਰ ਭਾਈ ਜੀਵਨ ਸਿੰਘ) ਦੁਆਰਾ ਲਿਆਂਦਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਮੁਗਲ ਹਾਕਮਾਂ ਦੇ ਵਿਰੋਧ ਵਿੱਚ, ਸਸਕਾਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।