गुरुद्वारा पिपली साहिब अमृतसर रेलवे स्टेशन से छेहरटा की ओर जाने वाली सड़क पर, चौक पुतलीघर से आबादी इस्लामाबाद बाजार की ओर जाने वाली सड़क पर स्थित है। यह गुरुद्वारा दो मंजिला बना हुआ है। वर्ष 1581 ई. में जब पृथीचंद को गुरुगद्दी नहीं मिली तो उसने ईर्ष्या और क्रोध के कारण गुरु के महल निवास पर बलपूर्वक कब्ज़ा कर लिया। इस पर श्री गुरु अर्जुन देव जी श्री गोइंदवाल, बासरके, छेहरटा साहिब आदि से होते हुए इसी स्थान पर रहने लगे। उस समय यहां पीपल के पेड़ थे। गुरु जी की कृपा से यहां संगत और पंगत प्रवाहित होने लगी। इस स्थान पर उन लोगों के लिए रहने और लंगर आदि की व्यवस्था की गई थी जो श्री हरमंदिर साहिब के अमृत सरोवर की कार सेवा करने के लिए पुरुष और महिलाओं बाहर से आते थे।
1586 में भाई गुरदास जी जो गुरु अर्जुन देव के मामा थे। जब वे आगरा आदि क्षेत्रों में प्रचार करके लौटे तो उन्होंने बाबा बुड्ढा जी तथा बाबा पृथीचंद से अपने गुरु के परिवार की स्थिति के बारे में चर्चा करके श्री हरमंदिर साहिब की सेवा की जिम्मेदारी ले ली। श्री गुरु अर्जुन देव जी फिर से गुरु के महल में रहने लगे। सरोवर और श्री हरमंदिर साहिब की सेवा पहले की तरह पूरे जोरों पर शुरू हो गई।
22 मई, 1606 को जब गुरु अर्जुन देव शहीदी के लिए लाहौर गए तो बड़ी संख्या में संगत गुरु जी के साथ चली गई, लेकिन वे सभी गुरुद्वारा पिपली साहिब के स्थान पर गुरु जी का आदेश मानकर वापस लौट आईं। जून 1629 में श्री हरगोबिन्द साहिब के समय में मुगल सेना का शाहजहाँ से युद्ध हुआ। इस युद्ध में खालसा कॉलेज, गुरुद्वारा पिपली साहिब और लोहगढ़ का इलाका रणक्षेत्र में बदल गया. इस युद्ध में गुरु जी की विजय हुई। आपने इसी स्थान पर कमर का बक्सा खोला। इस युद्ध में लाहौर के रसूल खान को वीर योद्धा भाई विधिचंद ने मार डाला। महाराजा रणजीत सिंह ने इस गुरुद्वारे के नाम पर काफी जमीन आवंटित करवाई। अमृतसर सरोवर के लिए पहली कार सेवा 27 जून 1923 को शुरू हुई।