गुरुद्वारा कोतवाली साहिब, मोरिंडा सिख इतिहास की एक अत्यंत दुखद लेकिन पूजनीय घटना से जुड़ा हुआ स्थल है। 7 दिसंबर 1705 को चमकौर के युद्ध में गुरु गोबिंद सिंह जी अपने परिवार से अलग हो गए थे। उस समय गुरु जी अपने दो बड़े साहिबजादों और कुछ निष्ठावान सिखों के साथ शत्रु सेना से मुकाबला कर रहे थे, वहीं माता गुजरी जी और छोटे साहिबजादे — साहिबजादा जोरावर सिंह जी और साहिबजादा फतेह सिंह जी — अलग रास्ते पर निकल पड़े और बाद में विश्वासघात का शिकार हुए।

सरसा नदी के पास बिछड़ने के बाद, माता गुजरी जी और साहिबजादों ने नदी किनारे एक झोंपड़ी में रात बिताई। एक दयालु ब्राह्मण स्त्री, लक्ष्मी ने उन्हें दो दिनों तक खाना दिया। इसके बाद गंगू नामक व्यक्ति, जो पहले गुरुघर में सेवक रह चुका था, उन्हें अपने गांव सहेड़ी ले गया।

लेकिन गंगू के इरादे बदल चुके थे। रात के समय वह उनकी संपत्ति देखकर लालच में आ गया और एक थैली में रखे सोने के सिक्के चुरा लिए। अगले दिन सुबह उसने शोर मचाया कि सोने के सिक्के चोरी हो गए हैं। माता गुजरी जी ने उसे शांत किया और कहा कि सिक्के घर में ही होंगे, बाहर से कोई नहीं आया है। लेकिन गंगू ने उनकी बातों को नजरअंदाज किया और गांव के मुखिया को साथ लेकर मोरिंडा की कोतवाली जा पहुंचा।

उस समय मोरिंडा की कोतवाली पर अधिकारी — जानी खां और मानी खां — तैनात थे। गंगू ने उन्हें सूचना दी कि गुरु गोबिंद सिंह जी की वृद्ध माता और दो छोटे पुत्र उसके घर में हैं।

इस सूचना पर कार्रवाई करते हुए जानी खां और मानी खां ने माता गुजरी जी और दोनों साहिबजादों को गिरफ़्तार कर लिया और मोरिंडा कोतवाली ले आए। उन्हें यहां एक रात अत्यंत अमानवीय परिस्थितियों में कैद रखा गया — न खाना दिया गया, न पानी और न ही ठंड से बचने के लिए कोई कपड़ा। अगले दिन सुबह उन्हें बैलगाड़ियों में बिठाकर सख्त पहरे में सरहिंद ले जाया गया।

यह गुरुद्वारा उसी स्थान पर स्थित है जहाँ गुरु गोबिंद सिंह जी के प्रिय परिवारजनों को अन्यायपूर्वक बंदी बनाकर रखा गया था। यह स्थान उनके महान बलिदान और अद्भुत साहस की स्मृति में समर्पित है। 12 दिसंबर 1705 को दोनों छोटे साहिबजादों को दीवार में जिंदा चिनवा दिया गया था और माता गुजरी जी ने भी वहीं शहीदी प्राप्त की।

1763 में जब दल खालसा ने सरहिंद की ओर कूच किया, तो उन्होंने मोरिंडा पर हमला किया और इसे नष्ट कर दिया। इस संघर्ष में जानी खां और मानी खां मारे गए।

अपने ऐतिहासिक महत्व और माता गुजरी जी तथा छोटे साहिबजादों की शहादत से जुड़ाव के कारण, गुरुद्वारा कोतवाली साहिब सिख समुदाय के लिए अत्यंत पूजनीय और श्रद्धेय स्थल माना जाता है।