नौवें सिख गुरु, गुरु तेग बहादुर का मुगल सम्राट औरंगजेब के आदेश पर 24 नवंबर 1675 को यहीं पर सिर कलम कर दिया गया था। हालाँकि, इससे पहले कि उनके शरीर को सार्वजनिक दृश्य के सामने लाया जा सके, इसे उनके एक शिष्य, लक्खी शाह वंजारा ने अंधेरे की आड़ में चुरा लिया, जिसने गुरु के शरीर का अंतिम संस्कार करने के लिए अपने घर को जला दिया; आज, इस स्थल पर गुरुद्वारा रकाब गंज साहिब है।
उस पेड़ का तना जिसके नीचे गुरु का सिर काटा गया था और जेल अवधि के दौरान स्नान करने के लिए उनके द्वारा इस्तेमाल किया गया कुआँ मंदिर में संरक्षित किया गया है। इसके अलावा, गुरुद्वारे के बगल में, कोतवाली (पुलिस स्टेशन) है, जहाँ गुरु को कैद किया गया था और उनके शिष्यों को प्रताड़ित किया गया था। इसके निकट ही सुनहरी मस्जिद (चांदनी चौक) स्थित है।
11 मार्च 1783 को, सिख सैन्य नेता बाघेल सिंह (1730-1802) ने अपनी सेना के साथ दिल्ली में मार्च किया। उन्होंने दीवान-ए-आम पर कब्जा कर लिया, मुगल सम्राट शाह आलम द्वितीय ने उनके साथ एक समझौता किया, जिसमें बाघेल सिंह को शहर में सिख ऐतिहासिक स्थलों पर गुरुद्वारे बनाने और सभी चुंगी के एक रुपये में छह आने (37.5%) प्राप्त करने की अनुमति दी गई। राजधानी में कर्तव्य. सीस गंज अप्रैल से नवंबर 1783 तक आठ महीने की अवधि के भीतर उनके द्वारा बनाए गए मंदिरों में से एक था। हालांकि, आने वाली सदी में अस्थिर राजनीतिक माहौल के कारण, यह स्थान मस्जिद और गुरुद्वारा बनने के बीच बदल गया। यह दो समुदायों के बीच विवाद का स्थल बन गया और मुकदमेबाजी शुरू हो गई। आखिरकार, लंबे समय तक मुकदमेबाजी के बाद ब्रिटिश राज के दौरान प्रिवी काउंसिल ने सिख वादियों के पक्ष में फैसला सुनाया और वर्तमान संरचना 1930 में जोड़ी गई; आने वाले वर्षों में गुंबदों में सोने की परत जोड़ी गई। मुगलकालीन कोतवाली को 1971 के आसपास दिल्ली सिख गुरुद्वारा प्रबंधन कमेटी को सौंप दिया गया था
गुरु तेग बहादुर का कटा हुआ सिर (हिंदी या पंजाबी में “सीस”) गुरु के एक अन्य शिष्य भाई जैता द्वारा आनंदपुर साहिब लाया गया था। इसी नाम से एक और गुरुद्वारा, पंजाब के आनंदपुर साहिब में गुरुद्वारा सीसगंज साहिब, इस स्थान को चिह्नित करता है, जहां नवंबर 1675 में, शहीद गुरु तेग बहादुर का सिर, भाई जैता (सिख संस्कार के अनुसार भाई जीवन सिंह नाम दिया गया) द्वारा लाया गया था। मुगल अधिकारियों की अवज्ञा में उनका अंतिम संस्कार कर दिया गया।