दिल्ली स्थित गुरुद्वारा सीस गंज साहिब नौवें सिख गुरु, गुरु तेग बहादुर जी की शहादत स्थली पर बना हुआ है। उन्होंने मुगल सम्राट औरंगज़ेब द्वारा जबरन कराए जा रहे धर्म-परिवर्त्तन का साहसपूर्वक विरोध करते हुए 24 नवम्बर 1675 को इस स्थान पर अपने प्राणों की आहुति दी।

इससे पहले कि अधिकारी गुरु जी के शरीर को क्षत-विक्षत कर सकें और उनके कटे हुए सीस को सार्वजनिक चेतावनी के रूप में लटका सकें, भाई जैता गुप्त रूप से पवित्र सिर को दिल्ली से आनंदपुर साहिब ले गए।। वहाँ पहुंचने पर, उन्हें भाई जीवन सिंह की उपाधि दी गई। आज, उसी वीरता और श्रद्धा की स्मृति में गुरुद्वारा सीस गंज साहिब, आनंदपुर साहिब में भी स्थापित है।

इसी दौरान, लखी शाह वंजारा और उनके पुत्र भाई नगइया ने एक तेज धूल भरी आंधी की आड़ में गुरु जी का शरीर चुपचाप उठा लिया। गुप्त रूप से अंतिम संस्कार करने के लिए, उन्होंने अपने घर को ही जला दिया। आज, उसी स्थान पर गुरुद्वारा रकाबगंज साहिब बना हुआ है।

वर्तमान गुरुद्वारा सीस गंज साहिब उसी स्थान पर निर्मित है जहाँ गुरु जी को शहीद किया गया था। इस परिसर में कुछ पवित्र अवशेष भी संरक्षित हैं, जैसे कि वह वृक्ष जिसके नीचे गुरु जी को शहीद किया गया था, और वह कुआं जिसमें उन्होंने अपनी कैद के दौरान स्नान किया था। गुरुद्वारे के पास ही पुराना मुगलकालीन कोतवाली भवन स्थित है, जहाँ गुरु जी को कैद करके रखा गया और उनके साथियों को यातनाएं दी गईं। समीप स्थित सुनेहरी मस्जिद (चांदनी चौक) इस क्षेत्र की ऐतिहासिक पृष्ठभूमि को और गहराई प्रदान करती है।

कई वर्षों बाद, 11 मार्च 1783 को, सिख सेनापति बघेल सिंह ने अपनी सेना के साथ दिल्ली में प्रवेश किया और दीवान-ए-आम पर अधिकार कर लिया। बाद में, मुगल सम्राट शाह आलम द्वितीय से समझौता हुआ, जिसके अंतर्गत उन्होंने बघेल सिंह को दिल्ली के महत्वपूर्ण सिख स्थलों पर गुरुद्वारे बनाने की अनुमति दी और राजधानी की चुंगी कर की आय का एक भाग भी सौंपा। अप्रैल से नवम्बर 1783 के बीच केवल आठ महीनों में, गुरुद्वारा सीस गंज साहिब का निर्माण किया गया।

हालांकि अगले शताब्दी में राजनीतिक अस्थिरता के चलते यह स्थल एक विवादित स्थान बन गया। कभी मस्जिद और कभी गुरुद्वारे के रूप में प्रयुक्त होने के कारण, मामला अदालत तक पहुँच गया। अंततः ब्रिटिश भारत के प्रिवी काउंसिल ने सिख समुदाय के पक्ष में निर्णय दिया और वर्तमान संरचना का निर्माण 1930 में किया गया। बाद में इसके गुम्बदों को स्वर्ण से मढ़ा गया, जिससे इसकी भव्यता और भी बढ़ गई। 1970 के दशक की शुरुआत में, गुरुद्वारे से सटी ऐतिहासिक कोतवाली को दिल्ली सिख गुरुद्वारा प्रबंधक समिति को सौंप दिया गया।